| 67064 | 2024 | Колпаков Ф.А. Компьютерное моделирование биологических систем и анализ биомедицинских данных: Автореф. дис. .. доктора биологических наук: 1.5.8 – Математическая биология, биоинформатика / [Место защиты: ИППИ РАН, г. Москва, дата защиты: 05.02.2024]. - 2024. - Новосибирск. - 46 с. - http://iitp.ru/upload/content/1629/KFA%20avtoreferat.pdf |
| 67065 | 2024 | Колпаков Ф.А. Компьютерное моделирование биологических систем и анализ биомедицинских данных: Дис. .. доктора биологических наук: 1.5.8 – Математическая биология, биоинформатика / [Место защиты: ИППИ РАН, г. Москва, дата защиты: 05.02.2024]. - 2024. - Новосибирск. - 395 с. - http://iitp.ru/upload/content/1629/KFA%20disser.pdf |
| 66927 | 2023 | Kiselev I.N., Akberdin I.R., Kolpakov F.A. Delay-differential SEIR modeling for improved modelling of infection dynamics // Scientific Reports. - 2023. - Vol.13. - Art.13439. - ISSN 2045-2322. |
| 66926 | 2023 | Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Kolpakov F.A. Relationship Between Transcription Factor Binding Regions and Open Chromatin Regions in Human Based on GTRD Data // Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23 (August 3 - 6, 2023). - 2023. - Moscow: IITP RAS. - P.1-4. - ISBN: 978-5-901158-33-3. |
| 66928 | 2023 | Vertyshev A.Y., Akberdin I.R., Kolpakov F.A. Numerous Trigger-like Interactions of Kinases/Protein Phosphatases in Human Skeletal Muscles Can Underlie Transient Processes in Activation of Signaling Pathways during Exercise // International Journal of Molecular Sciences. - 2023. - Vol.24. - Iss. 13. - Art.11223. - ISSN 1661-6596. - EISSN 1422-0067. |
| 66813 | 2023 | Бородулина А.Д., Кутумова Е.О., Лифшиц Г.И., Колпаков Ф.А. Математическое моделирование антигипертензивной терапии азилсартана медоксомилом на примере клинических данных реального пациента // Математическая биология и биоинформатика. - 2023. - Т.18. - № 1. - С.228-250. - EISSN 1994-6538. |
| 67071 | 2023 | Кондрахин П.Ю., Колпаков Ф.А. Многоуровневая математическая модель эпилептических припадков // Математическая биология и биоинформатика. - 2023. - Т.18. - № 2. - С.479-516. - EISSN 1994-6538. |
| 66545 | 2022 | Afonyushkin V., Akberdin I.R., Kozlova Y., Schukin I., Mironova T., Bobikova A., Cherepushkina V., Donchenko N., Poletaeva Y., Kolpakov F.A. Multicompartmental Mathematical Model of SARS-CoV-2 Distribution in Human Organs and Their Treatment // Mathematics. - 2022. - Vol.10. - Iss. 11. - Art.1925. - EISSN 2227-7390. |
| 66683 | 2022 | Akberdin I.R., Kulyashov M.A., Kolmykov S.K., Pintus S.S., Yevshin I.S., Sheng G., Deviatiiarov R.M., Stupina A.A., Gusev O.A., Kolpakov F.A. Reconstruction of a genome-scale metabolic model for chicken whole embryo considering transcriptomics data // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.573. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 66547 | 2022 | Boytsov A., Abramov S., Aiusheeva A., Kasianova A., Baulin E., Kuznetsov I., Aulchenko Y., Kolmykov S.K., Yevshin I.S., Kolpakov F., Vorontsov I.E., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V. ANANASTRA: annotation and enrichment analysis of allele-specific transcription factor binding at SNPs // Nucleic Acids Research. - 2022. - Vol.50. - Iss. W1. - P.W51-W56. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
| 66685 | 2022 | Kiselev I.N., Akberdin I.R., Kolpakov F.A. A delay differential equation approach to model the COVID-19 pandemic // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.903. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 66564 | 2022 | Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Transcription factor binding sites: data integration, stable identifiers and incremental builds // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.77. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 66544 | 2022 | Kolpakov F., Akberdin I.R., Kiselev I.N., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y., Kulyashov M., Kutumova E.O., Pintus S.S., Ryabova A., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Zhatchenko S., Kel A. BioUML - towards a universal research platform // Nucleic Acids Research. - 2022. - Vol.50. - Iss. W1. - P.W124-W131. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
| 66681 | 2022 | Kolpakov F.A., Kiselev I.N., Kutumova E.O., Akberdin I.R., Ryabova A.S., Yevshin I.S., Sharipov R.N., Zhatchenko S.A. Sirius platform as environment for evolutionary development of mathematical models of complex biological systems // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.214. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 66623 | 2022 | Kutumova E.O., Akberdin I.R., Kiselev I.N., Sharipov R.N., Egorova V.S., Syrocheva A.O., Parodi A., Zamyatnin A.A., Kolpakov F.A. Physiologically Based Pharmacokinetic Modeling of Nanoparticle Biodistribution: A Review of Existing Models, Simulation Software, and Data Analysis Tools // International Journal of Molecular Sciences. - 2022. - Vol.23. - Iss. 20. - Art.12560. - ISSN 1661-6596. - EISSN 1422-0067. |
| 66516 | 2022 | Kutumova E.O., Akberdin I.R., Kiselev I.N., Sharipov R.N., Kolpakov F.A. Modular Representation of Physiologically Based Pharmacokinetic Models: Nanoparticle Delivery to Solid Tumors in Mice as an Example // Mathematics. - 2022. - Vol.10. - Iss. 7. - Art.1176. - EISSN 2227-7390. |
| 66548 | 2022 | Makhnovskii P.A., Gusev O.A., Bokov R.O., Gazizova G.R., Vepkhvadze T., Lysenko E.A., Vinogradova O.L., Kolpakov F.A., Popov D.V. Alternative transcription start sites contribute to acute-stress-induced transcriptome response in human skeletal muscle // Human Genomics. - 2022. - Vol.16. - Iss. 1. - Art.24. - ISSN 1473-9542. - EISSN 1479-7364. |
| 66565 | 2022 | Makhnovskii P.A., Gusev O., Bokov R., Gazizova G., Vepkhvadze T., Lysenko E., Vinogradova O., Kolpakov F.A., Popov D. Alternative transcription start sites contribute to acute-stress-induced transcriptome response in human skeletal muscle // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.84. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 66684 | 2022 | Miroshnichenko M.I., Akberdin I.R., Afonyushkin V.N., Kolpakov F.A. Mathematical modeling of SARS-CoV-2 infection process and virus spreading in the human body considering B and T cell-mediated immune responses // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.883. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 66566 | 2022 | Sharipov R.N., Kondrakhin Y.V., Kolmykov S.K., Yevshin I.S., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Heterogeneity of transcription factor binding sites within ChIP-Seq datasets // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.94. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 66682 | 2022 | Son A., Akberdin I., Kiselev I., Pintus S., Vertyshev A., Popov D., Kolpakov F. Modeling of contractile activity-induced fatigue in human skeletal muscle // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.234. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 66688 | 2022 | Акбердин И.Р., Мирошниченко М.И., Щукин И.А., Колпаков Ф.А. Визуальное моделирование и воспроизводимость математических моделей в иммунологии инфекционных заболеваний // Международная конференция «Прикладная математика иммунологии и вирусологии», Сочи, Россия, 14-18 ноября 2022 года. Программа. - 2022. - Сочи: Университет «Сириус». - С.57-59. - https://siriusmathcenter.ru/pr_img/1918100371/20221112/62063230/Program_027w.pdf |
| 66687 | 2022 | Колпаков Ф.А., Кутумова Е.О., Акбердин И.Р., Рябова А.С., Евшин И.С., Жатченко С.А. Sirius-web - среда для эволюционного создания математических моделей сложных биологических систем // Международная конференция «Прикладная математика иммунологии и вирусологии», Сочи, Россия, 14-18 ноября 2022 года. Программа. - 2022. - Сочи: Университет «Сириус». - С.53-56. - https://siriusmathcenter.ru/pr_img/1918100371/20221112/62063230/Program_027w.pdf |
| 66686 | 2022 | Мирошниченко М.И., Афонюшкин В.Н., Колпаков Ф.А., Акбердин И.Р. Математическое моделирование процессов заражения и распределения вируса SARS-CoV-2 в организме человека с учетом формирования В- и Т-клеточных иммунных ответов // Международная конференция «Прикладная математика иммунологии и вирусологии», Сочи, Россия, 14-18 ноября 2022 года. Программа. - 2022. - Сочи: Университет «Сириус». - С.47-49. - https://siriusmathcenter.ru/pr_img/1918100371/20221112/62063230/Program_027w.pdf |
| 65468 | 2021 | Abramov S., Boytsov A., Bykova D., Penzar D.D., Yevshin I., Kolmykov S.K., Fridman M.V., Favorov A.V., Vorontsov I.E., Baulin E., Kolpakov F.A., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V. Landscape of allele-specific transcription factor binding in the human genome // Nature Communications. - 2021. - Vol.12. - Art.2751. - ISSN 2041-1723. - https://www.nature.com/articles/s41467-021-23007-0 |
| 65985 | 2021 | Akberdin I.R., Kiselev I.N., Pintus S.S., Sharipov R.N., Vertyshev A.Y., Vinogradova O.L., Popov D.V., Kolpakov F.A. A modular mathematical model of exercise-induced changes in metabolism, signaling, and gene expression in human skeletal muscle // International Journal of Molecular Sciences. - 2021. - Vol.22. - Iss. 19. - Art.10353. - ISSN 1661-6596. - EISSN 1422-0067. |
| 65921 | 2021 | Bokov R.O., Makhnovskii P.A., Kolpakov F.A., Popov D.V. Transcriptome responses in human skeletal muscle to acute and regular aerobic exercise: a meta-analysis // FEBS Open Bio. - 2021. - Т.11. - С.117. - ISSN 2211-5463. |
| 65293 | 2021 | Kolmykov S., Yevshin I.S., Kulyashov M., Sharipov R.N., Kondrakhin Y., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V., Kel A., Kolpakov F. GTRD: an integrated view of transcription regulation // Nucleic Acids Research. - 2021. - Vol.49. - Iss. D1. - P.D104-D111. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
| 66090 | 2021 | Kutumova E., Kiselev I., Sharipov R., Lifshits G., Kolpakov F. Thoroughly Calibrated Modular Agent-Based Model of the Human Cardiovascular and Renal Systems for Blood Pressure Regulation in Health and Disease // Frontiers in Physiology. - 2021. - Vol.12. - Art.746300. - EISSN 1664-042X. |
| 65413 | 2021 | Makhnovskii P.A., Bokov R.O., Kolpakov F.A., Popov D.V. Transcriptomic Signatures and Upstream Regulation in Human Skeletal Muscle Adapted to Disuse and Aerobic Exercise // International Journal of Molecular Sciences. - 2021. - Vol.22. - Iss. 3. - Art.1208. - ISSN 1661-6596. - EISSN 1422-0067. |
| 65922 | 2021 | Makhnovskii P.A., Gusev O., Kolpakov F.A., Popov D.V. Prediction of transcription factors regulating contractile activity-induced gene expression in skeletal muscle // FEBS Open Bio. - 2021. - Vol.11. - P.119. - ISSN 2211-5463. |
| 65920 | 2021 | Pintus S.S., Akberdin I.R., Yevshin I.S., Makhnovskii P.A., Tyapkina O., Nigmetzyanov I., Nurullin L., Devyatiyarov R., Shagimardanova E., Popov D., Kolpakov F.A., Gusev O., Gazizova G.R. Genome-Wide Atlas of Promoter Expression Reveals Contribution of Transcribed Regulatory Elements to Genetic Control of Disuse-Mediated Atrophy of Skeletal Muscle // Biology. - 2021. - Vol.10. - Iss. 6. - Art.557. - EISSN 2079-7737. |
| 66280 | 2021 | Wiens D., Chernykh I., Logashenko I., Kolpakov F., Vorobiev V. Simulation Model of HPC System for Super Charm-Tau Factory // CEUR Workshop Proceedings. - 2021. - Vol.3041. - P.568-572. - ISSN 1613-0073. - http://ceur-ws.org/Vol-3041/568-572-paper-105.pdf |
| 66030 | 2021 | Боков Р.О., Махновский П.А., Колпаков Ф.А., Попов Д.В. Экспрессия генов, кодирующих митохондриальные белки, в скелетной мышце человека при гипокинезии и аэробных упражнениях: мета-анализ // Новые подходы к изучению проблем физиологии экстремальных состояний: материалы X Всероссийской с международным участием школы-конференции по физиологии мышц и мышечной деятельности, Москва, 28.06-01.07.2021. - 2021. - Москва: Институт медико-биологических проблем РАН. - С.91. - ISBN: 978-5-902119-63-0. |
| 65929 | 2021 | Колпакова А.Ф., Шарипов Р.Н., Волкова О.А., Колпаков Ф.А. Роль загрязнения воздуха взвешенными частицами в патогенезе онкологических заболеваний // Сибирский онкологический журнал. - 2021. - Т.20. - № 2. - С.102-109. - ISSN 1814-4861. - EISSN 2312-3168. |
| 66031 | 2021 | Попов Д.В., Махновский П.А., Боков Р.О., Колпаков Ф.А., Гусев О.А. Альтернативные старты транскрипции и регуляция генной экспрессии в скелетной мышце человека в ответ на остроестресс-воздействие // Новые подходы к изучению проблем физиологии экстремальных состояний: материалы X Всероссийской с международным участием школы-конференции по физиологии мышц и мышечной деятельности, Москва, 28.06-01.07.2021. - 2021. - Москва: Институт медико-биологических проблем РАН. - С.110. - ISBN: 978-5-902119-63-0. |
| 64969 | 2020 | Abramov S., Baulin E., Makeev V.J., Boytsov A., Yevshin I.S., Kulakovskiy I.V., Bykova D., Kolpakov F. Ad astra: the database of allelic dosage-corrected allele- specific transcription factor binding suggests causal regulatory sequence variants of pathologies
// Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference Abstracts (Novosibirsk, 06.07-10.07.2020). - 2020. - Novosibirsk. - P.14. - ISBN: 978-5-91291-051-7. |
| 65292 | 2020 | Abramov S., Boytsov A., Bykova D., Penzar D.D., Yevshin I.S., Kolmykov S.K., Fridman M.V., FavorovA.V., Vorontsov I.E., Baulin E., Kolpakov F., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V. Landscape of allele-specific transcription factor binding in the human genome [Digital resource] // bioRxiv. - 2020. - https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.10.07.327643v3 |
| 65187 | 2020 | Akberdin I.R., Kiselev I.N., Pintus S.S., Vertyshev A., Makhnovskii P.A., Popov D.V., Kolpakov F.A. Integrated modular model linking metabolism, signaling
transduction and gene expression regulation in human skeletal
muscle // CEUR Workshop Proceedings. - 2020. - Vol.2569. - P.1-5. - ISSN 1613-0073. - http://ceur-ws.org/Vol-2569/short1.pdf |
| 65020 | 2020 | Akberdin I.R., Vertyshev A.Y., Pintus S.S., Popov D.V., Kolpakov A Mathematical Model Linking Ca2+-Dependent Signaling Pathway and Gene Expression Regulation in Human Skeletal Muscle // Mathematical Biology and Bioinformatics. - 2020. - Vol.15. - Iss. 1. - P.20-39. - EISSN 1994-6538. |
| 64968 | 2020 | Akberdin I.R., Vertyshev A.Yu., Kiselev I.N., Makhnovskii P.A., Kolpakov F.A., Pintus S.S., Popov D.V. Systems biology analysis of metabolism, signaling and gene expression regulation in human skeletal muscle // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference Abstracts (Novosibirsk, 06.07-10.07.2020). - 2020. - Novosibirsk. - P.138-139. - ISBN: 978-5-91291-051-7. |
| 64972 | 2020 | Gazizova G., Nigmetzyanov I., Akberdin I.R., Pintus S., Tyapkina O., Kolpakov F., Deviatiiarov R., Nurullin L., Gusev O. Promoter expression landscape in skeletal muscle in hindlimb suspension and recovery model in rat // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference Abstracts (Novosibirsk, 06.07-10.07.2020). - 2020. - Novosibirsk. - P.30. - ISBN: 978-5-91291-051-7. |
| 64552 | 2020 | Kolmykov S.K., Evshin I.S., Kolpakov F.A. Analysis of NGS Data on the Transcriptional Regulation // CEUR Workshop Proceedings. - 2020. - Vol.2569. - P.19-22. - ISSN 1613-0073. - http://ceur-ws.org/Vol-2569/short4.pdf |
| 65220 | 2020 | Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Meta-analysis of ChIP-seq Datasets through the Rank Aggregation Approach // Proceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020 (Novosibirsk, 06.07-10.07.2020). - 2020. - Novosibirsk. - P.180-184. - ISBN: 978-172819597-1 . |
| 64973 | 2020 | Kolpakov F.A., Evshin I.S., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Kulyashov M.A., Sharipov R.N. GTRD - an integrated view on transcription regulation // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference Abstracts (Novosibirsk, 06.07-10.07.2020). - 2020. - Novosibirsk. - P.45-46. - ISBN: 978-5-91291-051-7. |
| 64551 | 2020 | Kulyashov M.A., Kolmykov S.K., Evshin I.S., Kolpakov F.A. Description, Characteristic And Algorithm For Creation Of A Dictionary Of Cell Types And Tissues In The Gtrd Database // CEUR Workshop Proceedings. - 2020. - Vol.2569. - P.13-18. - ISSN 1613-0073. - http://ceur-ws.org/Vol-2569/short3.pdf |
| 64974 | 2020 | Kulyashov M.A., Kolmykov S.K., Kolpakov F.A., Yevshin I.S. Advanced data curation in GTRD database: hierarchical dictionaries of cell types and experimental factors // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference Abstracts (Novosibirsk, 06.07-10.07.2020). - 2020. - Novosibirsk. - P.52-53. - ISBN: 978-5-91291-051-7. |
| 65221 | 2020 | Kulyashov M.A., Kolmykov S.K., Yevshin I.S., Kolpakov F.A. Advanced data curation in GTRD database: Hierarchical dictionaries of cell types and experimental factors // Proceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020 (Novosibirsk, 06.07-10.07.2020). - 2020. - Novosibirsk. - P.23-27. - ISBN: 978-172819597-1 . |
| 65034 | 2020 | Makhnovskii P.A., Zgoda V.G., Bokov R.O., Shagimardanova E.I., Gazizova G.R., Gusev O.A., Lysenko E.A., Kolpakov F.A., Vinogradova O.L., Popov D.V. Regulation of Proteins in Human Skeletal Muscle: The Role of Transcription // Scientific Reports. - 2020. - Vol.10. - Iss. 1. - Art.3514. - ISSN 2045-2322. |
| 65301 | 2020 | Sharipov R.N., Kondrakhin Y.V., Ryabova A.S., Yevshin I.S., Kolpakov F.A. Assessment of transcriptional importance of cell line-specific features based on GTRD and FANTOM5 data // PloS ONE. - 2020. - Vol.15. - Iss. 12. - Art.e0243332. - ISSN 1932-6203. |
| 64967 | 2020 | Sharipov R.N., Yevshin I.S., Kondrakhin Y.V., Ryabova A.S., Kolmykov S.K., Kolpakov F.A. Peak caller comparison through quality control of ChIP-Seq datasets // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference Abstracts (Novosibirsk, 06.07-10.07.2020). - 2020. - Novosibirsk. - P.105-106. - ISBN: 978-5-91291-051-7. |
| 65053 | 2020 | Колпакова А.Ф., Шарипов Р.Н., Волкова О.А., Колпаков Ф.А. О роли загрязнения воздуха взвешенными частицами в патогенезе сердечно-сосудистых заболеваний. Меры профилактики // Кардиоваскулярная терапия и профилактика. - 2020. - Т.19. - № 3. - Ст.2421. - ISSN 1728-8800. |
| 65254 | 2020 | Миронова Т.Е., Афонюшкин В.Н., Козлова Ю.Н., Бобикова А.С., Коптев В.Ю., Черепушкина В.С., Сигарева Н.А., Колпаков Ф.А. Изучение защитных эффектов вироцидных препаратов на модели коронавирусной пневмонии // Ветеринария и кормление. - 2020. - № 7. - С.35-38. - ISSN 1814-9588. |
| 65294 | 2020 | Keating S.M., Waltemath D., et al. SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models // Molecular Systems Biology. - 2020. - Vol.16. - Art.e9110. - ISSN 1744-4292. |
| 63415 | 2019 | Kel A., Boyarskikh U., Stegmaier P., Leskov L.S., Sokolov A.V., Yevshin I.S., Mandrik N., Stelmashenko D., Koschmann J., Kel-Margoulis O., Krull M., Martínez-Cardús A., Moran S., Esteller M., Kolpakov F., Filipenko M., Wingender E. Walking pathways with positive feedback loops reveal DNA methylation biomarkers of colorectal cancer // BMC Bioinformatics. - 2019. - Vol.20. - Art.119. - ISSN 1471-2105. - EISSN 1471-2105. |
| 63935 | 2019 | Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Yevshin I.S., Sharipov R.N., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Population size estimation for quality control of ChIP-Seq datasets // PloS ONE. - 2019. - Vol.14. - Iss. 8. - Art.e0221760. - ISSN 1932-6203. |
| 63932 | 2019 | Kolpakov F., Akberdin I., Kashapov T., Kiselev I., Kolmykov S., Kondrakhin Y., Kutumova E., Mandrik N., Pintus S., Ryabova A., Sharipov R.N., Yevshin I., Kel A. BioUML: an integrated environment for systems biology and collaborative analysis of biomedical data // Nucleic Acids Research. - 2019. - Vol.47. - Iss. W1. - P.W225-W233. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
| 63056 | 2019 | Yevshin I.S., Sharipov R.N., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Kolpakov F.A. GTRD: a database on gene transcription regulation–2019 update
// Nucleic Acids Research. - 2019. - Vol.47. - Iss. D1. - P.D100-D105. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
| 63886 | 2019 | Yevshin I.S., Sharipov R.N., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Kolpakov F.A. Gtrd: a database on gene transcription regulation // Биотехнология: состояние и перспективы развития: Материалы международного конгресса (Москва, 25.02-27.02.2019). Выпуск 17. - 2019. - Москва: Общество с ограниченной ответственностью "Русские Экспо Дни Групп". - С.389-390. - ISBN: 978-5-9909118-0-2. |
| 63887 | 2019 | Акбердин И.Р., Киселев И.Н., Вертышев А., Попов Д.В., Колпаков Ф.А. Компьютерное моделирование энергетического метаболизма и внутриклеточной сигнализации скелетной мышцы человека // VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы (Санкт-Петербург, 18.06-22.06.2019): Сборник тезисов Международного Конгресса. - 2019. - Санкт-Петербург: ООО "Издательство ВВМ". - С.141. - ISBN: 978-5-9651-1237-1. |
| 64166 | 2019 | Акбердин И.Р., Киселев И.Н., Пинтус С.С., Вертышев А.Ю., Махновский П.А., Попов Д.В., Колпаков Ф.А. Интегрированная модульная математическая модель метаболизма, внутриклеточной сигнализации и процессов генетической регуляции в скелетной мышце человека // Распределенные информационно-вычислительные ресурсы. Цифровые двойники и большие данные (DICR-2019): Труды XVII Международной конференции (Новосибирск, 03.12-06.12.2019) / Под ред. О.Л. Жижимова, А.В. Юрченко. - 2019. - Новосибирск: ИВТ СО РАН. - С.22-27. - ISBN: 978-5-905569-14-2. - http://elib.ict.nsc.ru/jspui/bitstream/ICT/4694/8/DICR-2019-V3_p22-27.pdf |
| 63948 | 2019 | Киселев И.Н., Акбердин И.Р., Вертышев А.Ю., Попов Д.В., Колпаков Ф.А. Модульная графическая модель энергетического метаболизма в клетках скелетной мышцы // Математическая биология и биоинформатика. - 2019. - Т.14. - № 2. - С.373-392. - EISSN 1994-6538. |
| 63908 | 2019 | Киселев И.Н., Кутумова Е.О., Колпакова А.Ф., Колпаков Ф.А. Виртуальный пациент // Биотехнология: состояние и перспективы развития: Материалы международного конгресса (Москва, 25.02-27.02.2019). Выпуск 17. - 2019. - Москва: Общество с ограниченной ответственностью "Русские Экспо Дни Групп". - С.339-341. - ISBN: 978-5-9909118-0-2. |
| 63907 | 2019 | Киселев И.Н., Кутумова Е.О., Колпакова А.Ф., Лифшиц Г.И., Колпаков Ф.А. Математическое моделирование действия антигипертензивных препаратов // Математическая биология и биоинформатика. - 2019. - Т.14. - № 1. - С.233-256. - EISSN 1994-6538. |
| 64172 | 2019 | Колмыков С.К., Евшин И.С., Колпаков Ф.А. Анализ NGS данных по регуляции транскрипции // Распределенные информационно-вычислительные ресурсы. Цифровые двойники и большие данные (DICR-2019): Труды XVII Международной конференции (Новосибирск, 03.12-06.12.2019) / Под ред. О.Л. Жижимова, А.В. Юрченко. - 2019. - Новосибирск: ИВТ СО РАН. - С.107-112. - ISBN: 978-5-905569-14-2. - http://elib.ict.nsc.ru/jspui/bitstream/ICT/4694/21/DICR-2019-V3_p107-112.pdf |
| 64059 | 2019 | Колпакова А.Ф., Шарипов Р.Н., Волкова О.А., Колпаков Ф.А. Загрязнение атмосферного воздуха взвешенными веществами как фактор риска рака легких // Пульмонология. - 2019. - Т.29. - № 4. - С.477-485. - ISSN 0869-0189. |
| 63910 | 2019 | Колпаков Ф.А., Киселев И.Н., Кутумова Е.О., Колпакова А.Ф., Лифшиц Г.И. Виртуальный пациент: разработка технологии на примере модульной математической модели сердечно-сосудистой системы человека и предсказание эффективности лечения артериальной гипертензии // Биотехнология - медицине будущего: Материалы всероссийской мультиконференции с международным участием (Новосибирск, 29.06-02.07.2019). - 2019. - Новосибирск. - С.74. - ISBN: 978-5-85957-150-6. |
| 64173 | 2019 | Куляшов М.А., Колмыков С.К., Евшин И.С., Колпаков Ф.А. Описание, характеристика и алгоритм создания словаря клеточных типов и тканей в базе данных GTRD // Распределенные информационно-вычислительные ресурсы. Цифровые двойники и большие данные (DICR-2019): Труды XVII Международной конференции (Новосибирск, 03.12-06.12.2019) / Под ред. О.Л. Жижимова, А.В. Юрченко. - 2019. - Новосибирск: ИВТ СО РАН. - С.119-125. - ISBN: 978-5-905569-14-2. - http://elib.ict.nsc.ru/jspui/bitstream/ICT/4694/23/DICR-2019-V3_p119-125.pdf |
| 63057 | 2018 | Boyarskikh U., Pintus S., Mandrik N., Stelmashenko D., Kiselev I., Evshin I.S., Sharipov R.N., Stegmaier P., Kolpakov F., Filipenko M., Kel A. Computational master-regulator search reveals mTOR and PI3K pathways responsible for low sensitivity of NCI-H292 and A427 lung cancer cell lines to cytotoxic action of p53 activator Nutlin-3 // BMC Medical Genomics. - 2018. - Vol.11(Suppl 1). - Iss. 12. - ISSN 1755-8794. - EISSN 1755-8794. |
| 64004 | 2018 | Kiselev I.N., Baranov V.I., Kolpakov F.A. Creation of a modular model of metabolic processes in skeletal muscles during moderate physical load using biouml platform // Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018): The 3rd International Symposium. Abstracts. - 2018: ICG SB RAS. - ISBN: 978-5-91291-039-5. |
| 63059 | 2018 | Kiselev I.N., Kolpakova A.F., Kolpakov F.A. Population-based mathematical modeling antihypertensive drugs effect using BioUML platform // “Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology” (MM-HPC-BBB-2018): The 3rd International Symposium. - 2018. - Novosibirsk: ICG SB RAS. - P.33. - ISBN: 978-5-91291-039-5. |
| 62584 | 2018 | Kolmykov S., Kondrakhin Y.V., Kolpakov F.A. New method for estimation of number of transcription factor binding sites using results of processing of chip-seq data by different peak callers // Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2018): The Tenth International Young Scientists School. Abstracts. - 2018: ICG SB RAS. - P.52. - ISBN: 978-5-91291-043-2. |
| 60831 | 2018 | Kulakovskiy I.V., Vorontsov I.E., Yevshin I.S., Sharipov R.N., Fedorova A.D., Rumynskiy E.I., Medvedeva Y.A., Magana-Mora A., Bajic V.B., Papatsenko D.A., Kolpakov F.A., Makeev V.J. HOCOMOCO: towards a complete collection of transcription factor binding models for human and mouse via large-scale ChIP-Seq analysis // Nucleic Acids Research. - 2018. - Vol.46. - Iss. D1. - P.D252-D259. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
| 62711 | 2018 | Vorontsov I.E., Fedorova A.D., Yevshin I.S., Sharipov R.N., Kolpakov F.A., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V. Genome-wide map of human and mouse transcription factor binding sites aggregated from ChIP-Seq data 06 Biological Sciences 0604 Genetics // BMC Research Notes. - 2018. - Vol.11. - Iss. 1. - Art.756. - ISSN 1756-0500. |
| 64007 | 2018 | Yevshin I.S., Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Kolpakov F. Prediction of gene expression level by using chip-seq-derived data from the gtrd database and transcription start sites identified by the fantom5 project // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2018): The Eleventh International Conference. - 2018. - Novosibirsk. - ISBN: 978-5-91291-036-4. |
| 63494 | 2018 | Воронцов И.Е., Кулаковский И.В., Медведева Ю.А., Колпаков Ф.А., Евшин И.С., Макеев В.Ю. Анализ экспериментальных данных для определения участков днк, связывающих регуляторные белки // Биотехнология. - 2018. - № S. - С.14-15. - ISSN 0234-2758. - EISSN 2500-2341. |
| 63058 | 2018 | Колпакова А.Ф., Шарипов Р.Н., Волкова О.А., Колпаков Ф.А. О связи сахарного диабета 2-го типа с загрязнением воздуха взвешенными частицами // Проблемы эндокринологии. - 2018. - Т.64. - № 5. - С.329-335. - ISSN 0375-9660. |
| 62610 | 2018 | Колпакова А.Ф., Шарипов Р.Н., Колпаков Ф.А. О роли загрязнения атмосферного воздуха взвешенными частицами в патогенезе хронических неинфекционных заболеваний // Сибирский медицинский журнал (Томск). - 2018. - Т.33. - № 1. - С.7-13. - ISSN 2073-8552. |
| 60851 | 2017 | Boyarskikh U.A., Pintus S.S., Mandrik N.V., Stelmashenko D.E., Kiselev I.N., Sharipov R.N., Kolpakova A.F., Stegmaier P., Filipenko M.L., Kolpakov F.A., Kel A.E. Master-regulators driving resistance of non-small cell lung cancer cells to p53 reactivator Nutlin-3 // Virtual Biology. - 2017. - Vol.4. - P.1-31. - EISSN 2306-8140. - http://virtual-biology.org/vb/article/view/20/30 |
| 58742 | 2017 | Yevshin I.S., Sharipov R.N., Valeev T., Kel A., Kolpakov F. GTRD: A database of transcription factor binding sites identified by ChIP-seq experiments // Nucleic Acids Research. - 2017. - Vol.45. - Iss. D1. - P.D61-D67. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
| 60568 | 2017 | Евшин И.С., Колпаков Ф.А., Шарипов Р.Н. GTRD - Gene Transcription Regulation Database (Правообладатель: ООО «БИОСОФТ.РУ») // Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2017620872 от 10.08.2017 г. - Заявка № 2017620593 от 15.06.2017 г. (Федеральная служба по интеллектуальной собственности). - http://www1.fips.ru/wps/PA_FipsPub/res/Doc/PrEVM/RUNWDB/000/002/017/620/872/2017620872-00001/document.pdf |
| 60565 | 2017 | Кель А.Э., Киселев И.Н., Колпаков Ф.А., Пинтус С.С. Модуль графической аннотации экспериментальных данных (Правообладатель: ООО «БИОСОФТ.РУ») // Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2017618846 от 10.08.2017 г. - Заявка № 2017615715 от 15.06.2017 г. (Федеральная служба по интеллектуальной собственности). - http://www1.fips.ru/wps/PA_FipsPub/res/Doc/PrEVM/RUNWPR/000/002/017/618/846/2017618846-00001/document.pdf |
| 60567 | 2017 | Кель А.Э., Колпаков Ф.А., Шарипов Р.Н., Киселев И.Н., Стельмашенко Д.Е., Мандрик Н.В., Евшин И.С., Пинтус С.С. Программа «От генома к мишени» (Правообладатель: ООО «БИОСОФТ.РУ») // Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2017616241 от 02.06.2017 г. - Заявка № 2017613286 от 07.04.2017 г. (Федеральная служба по интеллектуальной собственности). - http://www1.fips.ru/wps/PA_FipsPub/res/Doc/PrEVM/RUNWPR/000/002/017/616/241/2017616241-00001/document.pdf |
| 60375 | 2017 | Киселев И.Н., Колпакова А.Ф., Колпаков Ф.А. Математическое моделирование фармакокинетики и фармакодинамики Алискирена // XVI Российская конференция «Распределенные информационно - вычислительные ресурсы. Наука – цифровой экономике» (DICR-2017): Труды XVI Всероссийской конференции (4-7 декабря 2017 г.). Новосибирск / Под ред. О.Л. Жижимова, А.М. Федотова. - 2017. - Новосибирск: ИВТ СО РАН. - С.218-223. - ISBN: 978-5-905569-10-4. - http://elib.ict.nsc.ru/jspui/bitstream/ICT/1467/30/paper26.pdf |
| 60374 | 2017 | Киселев И.Н., Шарипов Р.Н., Мандрик Н.В., Колпаков Ф.А. Популяционное моделирование cердечно-сосудистой системы человека в платформе BioUML // XVI Российская конференция «Распределенные информационно - вычислительные ресурсы. Наука – цифровой экономике» (DICR-2017): Труды XVI Всероссийской конференции (4-7 декабря 2017 г.). Новосибирск / Под ред. О.Л. Жижимова, А.М. Федотова. - 2017. - Новосибирск: ИВТ СО РАН. - С.212-217. - ISBN: 978-5-905569-10-4. - http://elib.ict.nsc.ru/jspui/bitstream/ICT/1467/29/paper25.pdf |
| 58822 | 2017 | Колпакова А.Ф., Шарипов Р.Н, Колпаков Ф.А. Загрязнения воздуха взвешенными частицами как фактор риска сердечно-сосудистых заболеваний // Гигиена и санитария. - 2017. - Т.96. - № 2. - С.133-137. - ISSN 0016-9900. - EISSN 2412-0650. |
| 59969 | 2017 | Колпакова А.Ф., Шарипов Р.Н., Колпаков Ф.А. О роли загрязнения атмосферного воздуха взвешенными частицами в патогенезе хронических заболеваний легких // Пульмонология. - 2017. - Т.27. - № 3. - С.404-409. - ISSN 0869-0189. |
| 58383 | 2016 | Kiselev I.N., Biberdorf E.A., Baranov V.I., Komlyagina T.G., Suvorova I.Yu., Melnikov V.N., Krivishchekov S.G., Kolpakov F.A. Validation of the human arterial tree model // Proceedings of The Second International Conference “Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology” (within BGRS\SB-2016): Novosibirsk, Russia. 29 August – 2 September 2016. - 2016. - Novosibirsk. - P.58. - ISBN: 978-5-91291-028-9. |
| 58382 | 2016 | Kiselev I.N., Kinsht S., Kolpakov F.A. Improved SBGN (ML) support in BioUML // Proceedings of The Second International Conference “Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology” (within BGRS\SB-2016): Novosibirsk, Russia. 29 August – 2 September 2016. - 2016. - Novosibirsk. - P.57. - ISBN: 978-5-91291-028-9. |
| 58429 | 2016 | Kolpakov F.A. Virtual biology – the foundation // Tenth International Conference on Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2016): Novosibirsk, 29 August – 2 September, 2016. Abstracts. - 2016. - Novosibirsk: Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics. - P.132. - ISBN: 978-5-91291-026-5. |
| 58430 | 2016 | Kutumova E.O., Yevshin I.S., Basmanova E., Mandrik N., Sharipov R.N., Kolpakov F.A. Population-based mathematical modeling of human immunoglobulin G N-glycosylation // Proceedings of The Second International Conference “Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology” (within BGRS\SB-2016): Novosibirsk, Russia. 29 August – 2 September 2016. - 2016. - Novosibirsk. - P.69. - ISBN: 978-5-91291-028-9. |
| 58431 | 2016 | Mandrik N., Kutumova E.O., Kolpakov F.A. Rule-based modeling in BioUML // Proceedings of The Second International Conference “Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology” (within BGRS\SB-2016): Novosibirsk, Russia. 29 August – 2 September 2016. - 2016. - Novosibirsk. - P.72. - ISBN: 978-5-91291-028-9. |
| 58427 | 2016 | Pintus S., Valeev T.F., Yevshin I.S., Kolpakov F.A. Biostore: a cloud-compatible hub for bioinformatics related tools and platforms // Tenth International Conference on Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2016): Novosibirsk, 29 August – 2 September, 2016. Abstracts. - 2016. - Novosibirsk: Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics. - P.237. - ISBN: 978-5-91291-026-5. |
| 58428 | 2016 | Yevshin I.S., Sharipov R.N., Kondrakhin Y.V., Kolpakov F.A. GTRD – gene transcription regulation database // Tenth International Conference on Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2016): Novosibirsk, 29 August – 2 September, 2016. Abstracts. - 2016. - Novosibirsk: Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics. - P.342. - ISBN: 978-5-91291-026-5. |
| 56232 | 2016 | Киселев И.Н., Колпаков Ф.А., Бибердорф Э.А., Баранов В.И., Комлягина Т.Г., Суворова И.Ю., Мельников В.Н., Кривощеков С.Г. Персонализированная одномерная модель сердечно-сосудистой системы человека // Сибирский научный медицинский журнал. - 2016. - Т.36. - № 1. - С.70-79. - ISSN 2410-2512. - EISSN 2410-2520. |
| 63410 | 2016 | Колпаков Ф.А., Киселев И.Н., Баранов В.И. Построение модульной модели метаболических процессов в скелетных мышцах при умеренных физических нагрузках с использованием программного комплекса BIOUML // Материалы Всероссийской научно-практической конференции по вопросам спортивной науки в детско-юношеском спорте и спорте высших достижений: Сборник материалов конференции. - 2016. - Москва: Государственное казенное учреждение города Москвы "Центр спортивных инновационных технологий и подготовки сборных команд" Департамента физической культуры и спорта города Москвы. - С.178-184. - ISBN: 978-5-9905252-5-2. |
| 56975 | 2015 | Kiselev I.N., Kolpakov F.A., Biberdorf E.A., Baranov V.I., Komlyagina T.G., Suvorova I.Y., Melnikov V.N., Krivoschekov S.G. Patient-specific 1d model of the human cardiovascular system // Proceedings - 2015 International Conference on Biomedical Engineering and Computational Technologies, SIBIRCON 2015. - 2015: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc. - P.76-81. - ISBN: 978-1-4673-9109-2. |
| 57254 | 2015 | Vaskova E.A., Medvedev S.P., Sorokina A.E., Nemudryy A.A., Elisaphenko E.A., Zakharova I.S., Shevchenko A.I., Kizilova E.A., Zhelezova A.I., Minina J.M., Zhdanova N.S., Khegay I.I., Ivanova L.N., Zakian S.M., Pokushalov E.A., Karaskov A.M., Vlasov V.V., Sharipov R.N., Evshin I.S., Kolpakov F.A., Sukhikh G.T. Transcriptome characteristics and x-chromosome inactivation status in cultured rat pluripotent stem cells // Stem Cells and Development. - 2015. - Vol.24. - Iss. 24. - P.2912-2924. - ISSN 1547-3287. - EISSN 1557-8534. |
| 57198 | 2015 | Киселев И.Н., Бибердорф Э.А., Баранов В.И., Комлягина Т.Г., Мельников В.Н., Суворова И.Ю., Кривощеков С.Г., Колпаков Ф.А. Персонализация параметров и валидация модели сердечно-сосудистой системы человека // Математическая биология и биоинформатика. - 2015. - Т.10. - № 2. - С.526-547. - EISSN 1994-6538. |
| 58406 | 2015 | Колпаков Ф.А. Модульная математическая модель регуляции липидного метаболизма на уровне организма человека (Правообладатель: ООО «БИОСОФТ.РУ») // Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2015618214 от 03.08.2015 г. - Заявка № 2015614805 от 05.06.2015 г. (Федеральная служба по интеллектуальной собственности). - http://www1.fips.ru/Archive/EVM/2015/2015.08.20/DOC/RUNW/000/002/015/618/214/document.pdf |